Aņos también de violencia, de fuertes contingentes militares, de proliferaciķn de partidas de guerrilleros, trajeron consigo la destrucciķn sistemática de siembras y cosechas, de ranchos y haciendas. Arboles y ganados fueron desapareciendo del paisaje del estado. La destrucciķn ecolķgica fue una de las más graves consecuencias que trajo aquella triste década. Por otra parte, una vez más, Manzanillo destacķ como lugar estratégico para el contrabando, la importaciķn de armamentos y salida de efectos, a pesar de las enormes dificultades de tránsito existentes entre el puerto y la capital del estado. Los sucesivos proyectos para crear una línea de vapores a través de la laguna de Cuyutlán y construir un tramo de ferrocarril desde el desembarcadero de los mismos hasta Manzanillo, no se pudieron llevar a efecto.
Aquellos aņos dejaron también otras ruinas.
Los restos de las partidas de guerrilleros, acostumbrados al saqueo y al pillaje, no podían fácilmente incorporarse al nuevo orden. El bandolerismo se hizo endémico y fue extendiéndose por la regiķn y las comarcas vecinas. Tantos hombres de tropa de uno u otro bando, habían dejado por todas partes un reguero de desolaciķn y de familias desintegradas. Empobrecido el país, destruidas las estructuras productivas, muchos de aquellos soldados ahora engrosaban las filas del paro. Los vagos formaban tropeles que deambulaban de un punto a otro de la geografía, incrementando los índices de la delincuencia y el temor de los vecinos bien pensantes que no se atrevían a cruzar los desolados caminos. El comercio se abatiķ y el riesgo por hacer inversiones frenaba las urgentes medidas a aplicar para poner en pie a la naciķn.
Por otra parte, también en Colima se dio durante estos aņos una importante recomposiciķn de la propiedad rústica y urbana a causa de la desamortizaciķn de los bienes eclesiásticos y otras corporaciones. Pero a pesar de todos los problemas se acordķ la contrataciķn del alumbrado de la ciudad de Colima y se inaugurķ el telégrafo en la capital del estado y en Manzanillo.
Entre 1860 y 1880 Colima experimentķ en el plano econķmico una fuerte expansiķn, basada, en una primera fase, en el auge comercial, que coincidiķ con una gran demanda de algodķn y la exportaciķn de grandes cantidades de productos locales a los Estados Unidos en momentos en que este país padecía la guerra civil. Al parecer, esta rápida expansiķn comercial empezķ a destruir una economía cerrada y autosuficiente y vinculaba a Colima, a través de un comercio vigoroso, con Europa y Norteamérica.
Como capital, Colima era el centro del comercio: intercambiaba principalmente arroz, azúcar, café, frutas tropicales, limones, algodķn y otros productos agrícolas y mineros que pasaban hacia Manzanillo para ser embarcados a Europa y a los Estados Unidos. También su producciķn se vendía a otras partes del país. A Colima, en cambio, llegaban todo tipo de productos manufacturados, principalmente de ferretería y otros implementos agrícolas y maquinaria. Las telas, los embutidos, las medicinas y los vinos también ocuparon un lugar importante en el intercambio.
Colima se convirtiķ así en un centro importante de distribuciķn hacia el interior, particularmente con los estados de Michoacán y Jalisco, con lo cual el incremento del tráfico comercial y de la arriería fue notable; los empleos aumentaron, las pequeņas villas crecieron y, en general, se expandieron las actividades econķmicas.
En el orden político, Francisco Santa Cruz fue nombrado gobernador, cargo que desempeņķ hasta 1873. En 1874, y hasta 1877, Filomeno Bravo fue el nuevo gobernador. Durante este tiempo se fundķ el Liceo de Varones; se inauguraron varias obras de importancia, tanto públicas como de salubridad. En 1877 su tardía adhesiķn al Plan de Tuxtepec fue la causa de que Porfirio Díaz lo sustituyera por el general Doroteo Lķpez.
Colima, un estado que si bien había padecido durante largos diez aņos las inclemencias de la guerra y los graves daņos en su identidad, no se había dividido interiormente con la acritud manifestada en otras regiones. Un factor de estímulo y renovaciķn fue la actitud del clero local y de algunos vecinos que pusieron empeņo por crear la diķcesis de Colima. Aquel movimiento esperaría aņos hasta cuajar, pero la demora sirviķ para dar articulaciķn y vida a una sociedad maltratada y malherida.
